Beim Wirkungsgrad muss man immer die gesamte Kette und nicht nur die letzte Umwandlung betrachten. Bei der Brennstoffzelle oder der direkten Wasserstoff-Nutzung im Motor ist der Wirkungsgrad sicher sehr hoch. Das nützt aber nichts, wenn es bei der vorherigen Wasserstoffherstellung und -Speicherung grosse Verluste gibt.
Analogie bei der Heizung: Mit Strom heizen ist eigentlich so ziemlich das Effizienteste: der Wirkungsgrad ist >95%. Das nützt aber wenig, wenn bei der vorhergehenden Stromherstellung der Wirkungsgrad viel geringer ist.