Wenn wir schon bei visionären (im Sinne von "... sollte zum Arzt gehen") Ideen sind, hätte ich einen anderen Vorschlag:
Früher oder später wird es ohnehin immer mehr nötig sein, auf dem SBB-Netz in der Region Fern- und Regionalverkehr zu trennen. So wie z.B. zwischen Genf und Coppet, wo es zwei Gleise für den Fernverkehr und ein drittes mit genügend Ausweichstellen für den Regionalverkehr gibt.
Das könnte man auch hier so machen, aber dieses Gleis könnte in Meterspur gebaut werden. Für die Geschwindigkeiten im Regionalverkehr würde das ja reichen. Die Waldenburgerbahn könnte so auch auf Meterspur umgespurt werden und hätte eine direkte Verbindung nach Basel. Die Wiesentalbahn könnte auch umgespurt werden (evtl. Dreischienengleis bis Lörrach Güterbahnhof), dito für die alte Hauensteinstrecke. Im Laufental gäbe es das zusätzliche Meterspurgleis anstelle des Doppelspurausbaus.
Wenn man das so machen würde, könnte man auch das Herzstück in Meterspur erstellen. Damit wären (mit Zwei-Stromsystem-Fahrzeugen) diverse Verknüpfungen mit dem Tramnetz möglich und die Innerstadt-Strecke könnte etwas entlastet werden. Den Margarethenstich könnte man statt an der Margarethenbrücke ein paar Meter weiter an der SNCF-Brücke bauen und so die Birsigtalbahn direkt in das S-Bahn-Netz einbinden.