Es gab mal vor Urzeiten direkte Züge Basel-Winterthur dem Rhein entlang. Ich bin mit meinem Grossvater noch damit gefahren, kurz vor Schluss.
Und es stimmt: ab Stein Richtung Laufenburg und weiter ist es einspurig. Der Aufwand, die Strecke (behindertengercht!) aufzumöbeln wäre wahrscheinlich enorm und würde sich so oder so kaum rechnen. Ich denke nicht, dass der Kanton Aargau als Hauptbetroffener so was finanzieren würde.
Und es stimmt ebenso: der Bözberg ist stark befahren, er dient neben den paar IR (der Flugzug wird ab Dezember auch via HB fahren) vor allem dem Güterverkehr Richtung RBL bzw. Gotthard. Weitere S-Bahnen dürften es da schwer haben. Ein durchgehender Ausbau auf sagen wir mal drei Gleise wird im Fricktal auf Widerstand stossen. Der Neubau des Bözbergtunnels (4-Meter-Korridor etc.) kommt ohnehin.
Eine sinnvolle Durchbindung auf der schweizer Seite sehe ich nicht. Der Fokus sollte sicher dem deutschen Ufer gelten, dort dürfte der Nutzen grösser sein.